Наверху выбирайте ведущую компанию (Битрикс сам выберет остальные поля наилучшим образом), проверьте все поля ниже, проверьте ответственного и нажимайте "Объединить". После этого закрывайте эту вкладку и продолжайте работать над дубликатами. При объединении Битрикс24 удаляет компании, которые Вы не выбрали наверху.
Мы рекомендуем иметь в группировке одно поле - или телефон, или email. И подчищать дубликаты в соответствующем порядке.
После объединения можно нажимать кнопку "Обновить", чтобы загрузить актуальные данные.